三坑自然生態公園在日據時期是渡船頭，後來因為河道淤塞、水運落寞及砂石盜採等問題破壞了自然生態原貌，相當可惜。幸好之後由營建署重新規劃設計，將石門大圳的水源引入，並且打造出豐富的水岸生態。